中储粮总公司实行“三级架构、两级法人”的垂直管理体系，“三级架构”即总公司、分公司和直属库，其中总公司和直属库为独立法人。

总公司


    总公司对直属库的人、财、物实行垂直管理，公司总部设有9个职能部门，在全国设立了24个分公司和4个子公司，上收及划转了251个直属库。

分公司


    根据中央储备粮经营管理的需要，总公司在全国设立了24个分公司。分公司作为总公司的派出机构，经总公司授权代表总公司负责管理辖区内的中央储备粮和直属库。

直属库


    经国家有关部门批准同意，陆续划转上收了251个直属库，由总公司统一管理其领导班子、财务和国有资产。直属库是独立核算、自负盈亏的法人实体，直接从事中央储备粮收购、储存、运输、加工、销售及相关业务。